質(zhì)譜組學(xué)賦能轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)與藥物開(kāi)發(fā)前沿論壇成功舉辦

2023.4.06

2023年3月29日上海 —— “質(zhì)譜組學(xué)賦能轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)與藥物開(kāi)發(fā)前沿論壇”在上海張江成功舉辦。本次論壇由上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國(guó)家工程研究中心）、中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所、國(guó)家轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心（上海）質(zhì)譜平臺(tái)、布魯克（北京）科技有限公司主辦，上海市生物醫(yī)藥行業(yè)協(xié)會(huì)、上海市浦東新區(qū)生物產(chǎn)業(yè)行業(yè)協(xié)會(huì)、上海張江生物醫(yī)藥基地開(kāi)發(fā)有限公司作為支持單位。

本次論壇邀請(qǐng)到了復(fù)旦大學(xué)陸豪杰教授、北京協(xié)和醫(yī)院醫(yī)學(xué)科學(xué)研究中心黃超蘭教授、上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院國(guó)家轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心（上海）印彤研究員、中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所高級(jí)工程師劉佳、復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院江一舟教授等專(zhuān)家圍繞復(fù)雜疾病發(fā)生發(fā)展機(jī)制、臨床多組學(xué)研究及轉(zhuǎn)化應(yīng)用等主題進(jìn)行探討，分享最新技術(shù)進(jìn)展、臨床應(yīng)用及藥物開(kāi)發(fā)研究。

會(huì)議現(xiàn)場(chǎng)

本次論壇由生物芯片上海國(guó)家工程研究中心專(zhuān)職副主任、上海生物芯片有限公司常務(wù)副總經(jīng)理韓峻松博士進(jìn)行開(kāi)幕致辭，韓博士表示近三年來(lái)，疫情給大家?guī)?lái)了很多改變，人們對(duì)于健康的關(guān)注度越來(lái)越高，這推動(dòng)了各種組學(xué)的研究不斷發(fā)展。在各類(lèi)組學(xué)的發(fā)展過(guò)程中，質(zhì)譜發(fā)揮了重要的作用。本次質(zhì)譜組學(xué)賦能轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)與藥物開(kāi)發(fā)前沿論壇的展開(kāi)，主要目的在于探討和研究如何利用質(zhì)譜技術(shù)來(lái)尋找合適的靶點(diǎn)，為轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)和藥物開(kāi)發(fā)作出前沿探索，并利用質(zhì)譜技術(shù)找到的靶點(diǎn)來(lái)實(shí)現(xiàn)真正的轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)和藥物開(kāi)發(fā)。韓峻松博士希望借助本次論壇能夠傳播前沿技術(shù)進(jìn)展，促進(jìn)行業(yè)交流，并預(yù)祝論壇取得圓滿(mǎn)成功。

生物芯片上海國(guó)家工程研究中心專(zhuān)職副主任、上海生物芯片有限公司常務(wù)副總經(jīng)韓峻松博士進(jìn)行開(kāi)幕致辭

在本次論壇的圓桌會(huì)議上，嘉賓們就以下主要問(wèn)題展開(kāi)了熱烈討論：

在組學(xué)技術(shù)應(yīng)用的過(guò)程中遇到過(guò)什么樣的實(shí)際挑戰(zhàn)？
基于質(zhì)譜的組學(xué)新技術(shù)在轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用如何在未來(lái)推動(dòng)個(gè)體化醫(yī)療的發(fā)展？是否存在某些障礙需要克服？
單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的應(yīng)用前景怎么樣？

圓桌討論：

主持人：中科院上海藥物研究所高級(jí)工程師劉佳；

嘉賓：北京協(xié)和醫(yī)院醫(yī)學(xué)科學(xué)研究中心黃超蘭教授、上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院國(guó)家轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心（上海）印彤研究員、蘇州艾凱利元生物科技公司醫(yī)學(xué)總監(jiān)于亮博士

報(bào)告回顧

陸豪杰?教授

復(fù)旦大學(xué)

《蛋白質(zhì)多修飾組學(xué)臨床應(yīng)用展望》

近年來(lái)，臨床蛋白質(zhì)組學(xué)已被證實(shí)在疾病的早期診斷、預(yù)后和病情發(fā)展監(jiān)測(cè)中發(fā)揮重要作用，對(duì)翻譯后修飾的研究旨在超越基因組、轉(zhuǎn)錄組所注釋的范圍，對(duì)實(shí)際執(zhí)行功能的蛋白質(zhì)進(jìn)行分析。蛋白質(zhì)組學(xué)在科學(xué)研究方面具有發(fā)現(xiàn)功能性修飾、發(fā)現(xiàn)藥物靶點(diǎn)，研究藥物脫靶、研究病原感染機(jī)制等優(yōu)勢(shì)。報(bào)告介紹了超濾輔助樣品制備和非標(biāo)記定量發(fā)現(xiàn)心血管并發(fā)癥的糖化蛋白標(biāo)志物、乳腺癌細(xì)胞MCF-7 HNE修飾組、蛋白質(zhì)棕櫚?；揎?Palmitoylation, S-acylation)、豬精子細(xì)胞膜蛋白N-糖鏈鑒定等相關(guān)研究。

黃超蘭?教授

北京協(xié)和醫(yī)院醫(yī)學(xué)科學(xué)研究中心

《Frontier Omics Technology Advances the Development of Biological and Translational Research》

報(bào)告介紹了發(fā)現(xiàn)階段特異性生物標(biāo)志物以揭示HepB肝病的進(jìn)展機(jī)制，并指出高質(zhì)量的QC數(shù)據(jù)是驗(yàn)證和轉(zhuǎn)換成功的關(guān)鍵。通過(guò)綜合多組學(xué)建模，集成了不同類(lèi)型的數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)了具有特定功能的階段特異性生物標(biāo)志物：Fibrosis（纖維化）、HCC2（肝癌早期）、LC2（重度肝硬化）、HCC1（肝癌早早期）、HCC4（肝癌晚期）、HCC3（肝癌中期）、LC1（輕度肝硬化）和CHB（慢性乙肝）。這一技術(shù)將藥物開(kāi)發(fā)進(jìn)程由10-17年縮短至3-5年。

印彤?博士研究員

上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院，國(guó)家轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心（上海）質(zhì)譜平臺(tái)負(fù)責(zé)人

《蛋白組學(xué)在轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究中的應(yīng)用》

轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)核心是在實(shí)驗(yàn)室與臨床之間架起雙向快速通道，實(shí)驗(yàn)室研究的成果能迅速有效地應(yīng)用到臨床；而臨床的需求又能及時(shí)反饋到實(shí)驗(yàn)室，進(jìn)行更深入的研究。研究?jī)?nèi)容涉及生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)與應(yīng)用，疾病的分子分型與個(gè)體化治療；疾病的治療監(jiān)測(cè)和預(yù)后的評(píng)估；探索腸道代謝產(chǎn)物在腫瘤免疫治療中的作用及靶點(diǎn)藥物開(kāi)發(fā)等。

報(bào)告介紹了臨床大隊(duì)列蛋白質(zhì)研究方案：臨床需求、樣本采集、樣本前處理、非靶向蛋白組學(xué)/靶向蛋白組學(xué)、蛋白質(zhì)鑒定、數(shù)據(jù)深度分析、功能研究與驗(yàn)證，并介紹了胰腺癌蛋白組和磷酸化蛋白組研究、急性髓細(xì)胞白血病(AML)的蛋白組研究、血栓前期患者的血漿蛋白組研究等實(shí)際案例。

江一舟?教授

復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院乳腺外科,副主任醫(yī)師，研究員，博導(dǎo)，復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院學(xué)科辦主任

《三陰性乳腺癌的復(fù)旦分型和精準(zhǔn)治療》

乳腺癌是女性發(fā)病率最高的惡性腫瘤，中國(guó)年發(fā)病率增速全球第一。三陰性乳腺癌惡性程度最高，治療效果不佳，如何改善三陰性乳腺癌療效成為臨床難題。

報(bào)告介紹了江一舟團(tuán)隊(duì)建立與臨床療效密切相關(guān)的TNBC四分型體系，明確各分型的特異靶標(biāo)，提出了分子分型基礎(chǔ)上的TNBC精準(zhǔn)治療策略。在臨床轉(zhuǎn)化方面，研究團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)臨床實(shí)用的分型試劑盒，授權(quán)發(fā)明專(zhuān)利并轉(zhuǎn)化，完成>3000例分型檢測(cè)，其中“無(wú)藥可用”患者有效率29.0%，免疫治療組有效率52.6%。數(shù)據(jù)表明“復(fù)旦分型”指導(dǎo)的精準(zhǔn)治療顯著改善難治性三陰性乳腺癌療效但仍有完善提升空間。未來(lái)江一舟團(tuán)隊(duì)將持續(xù)豐富組學(xué)層次，拓展精準(zhǔn)內(nèi)涵，開(kāi)發(fā)高效新藥。

劉佳?博士教授級(jí)高級(jí)工程師

中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所

《基于MALDI質(zhì)譜專(zhuān)屬探針和機(jī)器學(xué)習(xí)的空間代謝組學(xué)與疾病》

報(bào)告首先介紹了基于質(zhì)譜探針的代謝組學(xué)——從非靶向/靶向分析到定向分析，成熟的基于LC-MS的靶向和非靶向代謝組學(xué)工作流程為臨床問(wèn)題和科學(xué)問(wèn)題的解答奠定了基礎(chǔ)，代謝組學(xué)技術(shù)為闡明腸道菌群與人類(lèi)健康的關(guān)系提供了依據(jù)。

報(bào)告指出通過(guò)LC-MS直接分析2/3-OHUFA存在標(biāo)準(zhǔn)品合成難度大、離子化效率低、同分異構(gòu)體結(jié)構(gòu)差異小等難點(diǎn)，通過(guò)建立同位素標(biāo)記輔助鑒定213-0HUFA的方法，建立了對(duì)全血中硫化物和含硫基代謝物同時(shí)定性與定量的分析策略。

報(bào)告還介紹了機(jī)器學(xué)習(xí)賦能質(zhì)譜分析：從“人工”到“人工智能”。通過(guò)“人工智能”提出一種用戶(hù)友好的可自定義的分子砌塊提取方法，在LC-MS/MS檢測(cè)中可快速篩查復(fù)雜基質(zhì)中有質(zhì)譜碎裂特征的化合物。除了特征的子離子、中性丟失以外，子離子豐度、連續(xù)的中性丟失也首次被整合定義為分子特征。通過(guò)靶向倍半萜內(nèi)酯二聚體的特征，分離并鑒定了12種倍半萜內(nèi)酯二聚體，其中9種為新化合物。

蔣敏?服務(wù)平臺(tái)部產(chǎn)品經(jīng)理

上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國(guó)家工程研究中心）

《高通量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)加速臨床隊(duì)列研究》

樣本是所有研究能否進(jìn)行的關(guān)鍵，特別是稀有珍貴的臨床樣本，檢測(cè)技術(shù)是能否實(shí)現(xiàn)生物標(biāo)志物有效發(fā)現(xiàn)的重要手段。生物標(biāo)志物研究中，血漿蛋白組學(xué)是主要樣本載體，可用于健康及疾病評(píng)估。報(bào)告介紹了超去高峰度血樣本Direct DIA蛋白質(zhì)組學(xué)檢測(cè)產(chǎn)品 (4D Super Blood dDIA)，其優(yōu)勢(shì)在于生物磁珠去除高峰度蛋白、4D檢測(cè)降低上樣量，提高檢測(cè)靈敏度、采用DIA數(shù)據(jù)采集模式、機(jī)器學(xué)習(xí)算法助力生物標(biāo)志物研究。

報(bào)告還介紹了LC-MS/MS用于酒精相關(guān)肝病的無(wú)創(chuàng)標(biāo)志物篩選，該研究通過(guò)DIA-MS蛋白組學(xué)技術(shù)，對(duì)配對(duì)的肝臟-血漿進(jìn)行蛋白質(zhì)組分析來(lái)推斷分子病理特征并從血漿蛋白質(zhì)組結(jié)果確認(rèn)診斷和預(yù)后的能力（137名對(duì)照和459名ALD患者，其中360人的活檢組織進(jìn)行組織學(xué)特征評(píng)估）。在血漿和肝活檢組織中，代謝功能被下調(diào)，而與纖維化相關(guān)的信號(hào)傳導(dǎo)和免疫反應(yīng)被上調(diào)。通過(guò)機(jī)器學(xué)習(xí)建模篩選到的蛋白標(biāo)志物panel比現(xiàn)有的臨床方法能更準(zhǔn)確地檢測(cè)到顯著纖維化和輕度炎癥。

杜瀟賢?蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用主管

布魯克·道爾頓

《單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)助力疾病研究精細(xì)化解析》

基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)已成為現(xiàn)代研究理解生物功能和疾病機(jī)制的主要工具。健康或疾病組織看起來(lái)是同質(zhì)的，但其蛋白質(zhì)組是非常不同的。破解每個(gè)細(xì)胞中的蛋白組的差異（細(xì)胞異質(zhì)性）是充分理解其功能的關(guān)鍵。

單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)研究對(duì)質(zhì)譜靈敏度提出了更高要求。布魯克timsTOF SCP采用了一個(gè)全新改進(jìn)的離子源概念，結(jié)合平行積累連續(xù)碎裂（PASEF^?）采集方法的優(yōu)勢(shì)，提供了極高的速度和靈敏度，以應(yīng)對(duì)單細(xì)胞的蛋白組或后幾個(gè)細(xì)胞的翻譯后修飾的分析挑戰(zhàn)。報(bào)告介紹了基于timsTOF SCP的布魯克單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)分析完整流程，涵蓋從單細(xì)胞分選，前處理到數(shù)據(jù)結(jié)果。

同時(shí)介紹了基于timsTOF SCP平臺(tái)的一些前沿工作。研究人員基于timsTOF SCP平臺(tái)開(kāi)發(fā)的4D-LFQ單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，可以準(zhǔn)確可靠地檢測(cè)單個(gè)細(xì)胞中的蛋白質(zhì)組及其變化，并將蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行對(duì)比，再次強(qiáng)調(diào)蛋白質(zhì)組可以產(chǎn)生與RNA測(cè)序的補(bǔ)充信息。同時(shí)，介紹了一種基于超高靈敏度質(zhì)譜技術(shù)的空間蛋白質(zhì)組學(xué)方法—深度可視蛋白質(zhì)組學(xué) (Deep Visual Proteomics，DVP)。DVP技術(shù)可無(wú)偏向性地將細(xì)胞表型、異質(zhì)性和動(dòng)力學(xué)與蛋白質(zhì)組水平相關(guān)聯(lián)。研究者隨后將DVP方法用于腫瘤臨床FFPE組織樣本分析，可以定義空間特征的癌組織異質(zhì)性。

于亮?博士，醫(yī)學(xué)總監(jiān)

蘇州艾凱利元生物科技公司

《探索腸道代謝產(chǎn)物在腫瘤免疫治療中的作用及靶點(diǎn)藥物開(kāi)發(fā)》

免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療面臨的問(wèn)題在于原發(fā)藥物敏感性以及繼發(fā)耐藥。可以通過(guò)蛋白組學(xué)探索Inosine靶點(diǎn)，利用嘌呤代謝物靶向免疫原性調(diào)節(jié)蛋白，開(kāi)發(fā)下一代腫瘤免疫治療藥物。

報(bào)告介紹了艾凱利元基于iPSC底層技術(shù)開(kāi)發(fā)通用型細(xì)胞療法，利用iPSC二代重編程+高效分化平臺(tái)+智能細(xì)胞平臺(tái)實(shí)現(xiàn)顛覆性創(chuàng)新。艾凱開(kāi)發(fā)的iCam-iNKR 在患者來(lái)源腫瘤類(lèi)器官展現(xiàn)出高效的腫瘤殺傷效力，未來(lái)將利用組學(xué)方法探索腫瘤微環(huán)境對(duì)iPSC來(lái)源免疫細(xì)胞功能和存續(xù)的影響。

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