定量PCR Taqman探針試劑之選
不過科研人員就沒那么好運(yùn)了,科研中需要用到定量PCR檢測的目標(biāo)廣泛,不容易找到帶有探針的定量檢測試劑盒。當(dāng)然,針對這種現(xiàn)狀,幾個(gè)大公司陸續(xù)推出探針庫,比如羅氏的UPL通用探針庫,就可以通過組合定量檢測出人、大小鼠等7個(gè)物種的大部分ORF序列,特別適合大型實(shí)驗(yàn)室;ABI公司現(xiàn)在可以根據(jù)用戶的需要提供約十二萬種基因表達(dá)引物、探針和兩百多萬種SNP分析的引物探針進(jìn)行科學(xué)研究,據(jù)說是源自于世界各地研究人員要求定制探針或者引物后匯總的結(jié)果,可惜就是貴,就連美國的實(shí)驗(yàn)室教授也大嘆“Very expensive, especially for small projects”。
咱們做實(shí)驗(yàn)的,對試劑的要求自然是1.質(zhì)量可靠 + 2.價(jià)格相宜,前者保證實(shí)驗(yàn)早出結(jié)果,出好結(jié)果,不要太多折磨,后者則是要老板承受得起,畢竟沒有病人替我們買單。因此自行設(shè)計(jì)定制標(biāo)記探針就是多數(shù)“第三世界”實(shí)驗(yàn)室的選擇。Taqman探針法的第二大類產(chǎn)品就是不帶探針引物的通用探針法定量檢測試劑盒——有酶、Buffer、內(nèi)參等等配套試劑,模版引物探針自備。大家關(guān)心的問題不外是:1.哪一家探針合成標(biāo)記比較可靠、價(jià)格如何?2.哪一家的通用試劑盒比較可靠價(jià)格相宜?是不是一定要買試劑盒?對于第一個(gè)問題,生物通希望有經(jīng)驗(yàn)的讀者參與我們的網(wǎng)絡(luò)調(diào)查,當(dāng)搜集到足夠樣本時(shí)我們會將大家的意見更新在本文后面,對于第二個(gè)問題,生物通在這里簡單介紹一下市面常見的品牌和特色。
[基礎(chǔ)用途]就是指基因表達(dá)量檢測方面而言。
其中不肖說ABI是個(gè)金字招牌,它的優(yōu)點(diǎn)就在于無論你是要做人類的,小鼠的,大鼠的,果蠅的,線蟲的還是植物擬南芥的,連序列都不用呈遞,只要把基因名字說出來就行了,除了基因序列全面完整之外,ABI的試劑的各方面的條件也是摸索優(yōu)化好了的,基本上只要不出大的問題——比如說 儀器 出錯(cuò),樣品制備得太差——ABI的這些試劑都可以得到不錯(cuò)的結(jié)果。但是缺點(diǎn)就是貴(200個(gè)反應(yīng)4500),以及時(shí)間周期比較長,不過如果你希望能發(fā)到高點(diǎn)數(shù)的文章,這些時(shí)間金錢可能還是省不了的。
在ABI的這些試劑盒中一般都包括AmpliTaq或者AmpErase金牌酶(具體見定量PCR:“酶”頭一蹙,計(jì)上心來 Qiagen vs.ABI(1)),緩沖液,對照等,另外如果是RT-PCR試劑盒還會有逆轉(zhuǎn)錄酶——這里有個(gè)一步法和兩步法的區(qū)別,一般而言兩步法較靈活,一次cDNA反應(yīng)可以進(jìn)行多次PCR反應(yīng),而一步法就相對簡單快速。ABI有個(gè)通用型的一步法試劑盒(Universal PCR Master Mix),這個(gè)試劑盒其實(shí)也就是Core Reagents試劑盒的成份,但是已經(jīng)預(yù)混合起來的,并且在此基礎(chǔ)上加入了一些額外的成份幫助完成簡單高效的Taqman探針定量PCR反應(yīng),反響不錯(cuò),甚至對于一些“刻薄”的G/C富集的模板也得到了相當(dāng)不錯(cuò)的結(jié)果。
Qiagen的Quantitect Probe PCR/RT-PCR也是一個(gè)基于探針的定量PCR通用試劑盒。酶自然也是選擇嚴(yán)格的Hotstart酶,試劑盒同時(shí)提供熒光內(nèi)參、dNTP和優(yōu)化緩沖液,價(jià)格要30元/次反應(yīng)(50ul,如果你把反應(yīng)體積減少到25ul,就可以將成本再減半),如果你是生物通新聞欄目的幸運(yùn)讀者能拿到最近生物通送出的優(yōu)惠券,那幾乎可以又便宜一半。如果你要做Multiplex多重PCR,或者同管內(nèi)檢測目的基因和管家基因,那么你還是不要再幻想自己配試劑了,QuantiTect Multiplex PCR應(yīng)該是更好的選擇。這個(gè)每管最多可做4個(gè)模版、檢測靈敏度低至10個(gè)拷貝也能檢測出來、已經(jīng)優(yōu)化穩(wěn)定可靠的試劑每次成本40多元,優(yōu)惠下來22左右,如果將反應(yīng)體積減半還可以便宜到10元多點(diǎn)兒。比起自己慢慢摸索要快得多??梢赃x擇有ROX內(nèi)參熒光或者無ROX的試劑盒(如果你的機(jī)器不是ABI,不要ROX干擾也罷),價(jià)格是一樣的。
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